В 1902 году Иван Бутин двухклассное Нерчинское уездное училище. Затем обучался в Томской учительской семинарии, перевелся в Петербургский учительский институт, который окончил в 1906-м. Спустя два года, в 1908-м, был арестован за революционную деятельность, бежал, но был вновь арестован и весной 1909 сослан в Енисейскую губернию.
После ссылки жил в Москве, редактировал крестьянский журнал «Новый колос». В мае 1917 года вернулся в Забайкалья, где на Третьем съезде Советов рабочих, крестьянских, казачьих и бурятских депутатов был избран председетелем облисполкома.
В августе 1918-го выехал из Читы и перешел на нелегальное положение. В декабре того же года Бутина арестовали и в июне 1919-го направили в Читинскую тюрьму, затем в село Маккавеево, где находилась главная гауптвахта. Там погиб.
Именем Ивана Афанасьевича Бутина названа одна из центральных улиц Читы (бывшая Софийская), а на здании городской администрации ему установлена памятная мемориальная доска.