Федеральная миграционная служба России была создана в 1992 году. Возглавила ее ученый, кандидат географических наук Татьяна Регент. В конце 1999 года Указом Президента России ФМС была преобразована в Министерство по делам федерации, национальной и миграционной политики Российской Федерации. Министерство было образовано на базе Службы и бывшего министерства по делам национальностей в конце 2001 года.
23 февраля 2002 года Указом президента Российской Федерации «О совершенствовании государственного управления в области миграционной политики» функции иммиграционного контроля и координации действий федеральных органов исполнительной власти субъектов Федерации по вопросам миграции исполняет МВД России.
В настоящее время Федеральная миграционная служба Российской Федерации – самостоятельный федеральный орган исполнительной власти, осуществляющий правоприменительные функции, функции по контролю, надзору и оказанию государственных услуг в сфере миграции.